실시협약상 운영비용 기준으로 매입세액 안분계산 가능 여부

실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(공통매입세액 안분기준)을 적용하여 안분하여 계산함

[회신] 귀 서면질의의 경우 기존해석사례(법규부가2013-210, 2013.07.18.)를 보내드리니 참조하시기 바랍니다. ○ 법규부가2013-210, 2013.07.18. 사업자가 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분 할 수 없는 매입세액은「부가가치세법 시행령」제81조에 따라 안분계산 하는 것임 1. 사실관계 ○ 당사는 신분당선 연장 복선전철 민간투자사업의 사업시행사로 본 시설의 설계, 건설, 유지관리 및 운영과 사업사행을 위한 재원조달을 수행하기 위해 설립됨. ○ 본 사업은 사회기반시설에 대한 민간투자법에 근거하여 추진되고 있으며 민간투자법 제4조 제1호 에 의한 수익형 민자사업(BTO)으로 추진됨 - 2009.12월 국토교통부와 체결한 실시협약에 따라 본 사업시설의 기 부채납 이후 주무관청으로부터 부여받은 관리운영권에 따라 30년간 무상사용 수익 및 유지관리업무를 수행함 ○ 2016.1월 정식 개통하여 운영중에 있으며 당사는 현재 한국표준산업분류 상 다음과 같은 업종을 영위하고 있음 - 여객운송(도시철도 운송업)용역은 부가가치세법 제26조 제1항 제7호 에 따라 면세사업에 해당함 - 차량기지(철도 운송지원 서비스업)의 경우 당사 자체차량 이외에 별도 법인에서 운영하고 있는 신분당선 차량에 대한 정비, 청소용역 등을 제공하고 있음 ○ 당사는 관리운영계약에 따라 철도운영 및 유지보수업무는 별도 운 영사에 일괄 위탁하고 있음 - 관리운영계약에 따라 운영사가 제공하는 용역은 면세사업분(여객 운 송부문)과 과세사업분(차량기지부문)이 모두 포함되어 있으며 당 사에 대한 대가 청구시 월단위로 세금계산서를 발행하여 청구함 - 당사가 운영사로부터 제공받은 자료로는 면세사업분과 과세사업분 구분을 위한 기준이 확보되지 않고 있으나 주무관청과 체결한 실시 협약 상의 운영비용 예산액을 기준으로 상 기 세금계산서 상의 매입세액을 면세사업분과 과세사업분으로 구분 가능한 상황임 2. 질의내용 ○ 과세사업 관련 매입세액의 산정 방법 (갑설) 실시협약 상의 운영비용 예산액 기준을 실지귀속으로 보고 다 음과 같이 과세사업분 매입세액을 계산(매입세액 * 차량기지관련 운영비용 예산액(자체차량분 제외)/운영비용예산액) (을설) 실시귀속이 불분명하므로 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 에서 정한 공통매입세액 안분계산 규정을 적용하여 공급가액 비율로 과세사업분 매입세액을 계산 3. 관련법령 ○ 부가가치세법 제40조 【공통매입세액의 안분】 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. ○ 부가가치세법 시행령 제81조 【공통매입세액 안분 계산】 ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. <개정 2016.2.17> ④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다. 1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율 2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율 3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율 ○ 법규부가2013-210, 2013.07.18. 사업자가 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분 할 수 없는 매입세액은 「부가가치세법 시행령」제81조에 따라 안분계산 하는 것임 ○ 부가가치세과-81, 2014.01.28 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 함)은 「부가가치세법」 제40조 및 같은 법 시행령 제81조제1항에 따라 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 따라 계산하는 것입니다. 다만, 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 공통매입세액 안분계산은 같은 법 시행령 제81조제4항 각호의 순에 의해 계산하는 것입니다.(여기서, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용함) 이 경우에 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 같은법 시행령 제82조에 따라 공통매입세액을 정산하는 것입니다.